Embrio Walungan bermula dari riset Dr. Zamzam Tanuwijaya, M.Si. tentang variabilitas debit Zona Transfer Sungai Cikapundung di daerah hulu Sungai Cikapundung pada tahun 2012. Riset ini merupakan bagian dari pendidikan doktoral beliau di Teknik Geologi Universitas Padjadjaran. Setelah meraih gelar doktor pada tahun 2015, Dr. Zamzam berkomitmen untuk berkontribusi kepada masyarakat dengan aktivitas yang sesuai dengan kebidangannya di bidang riset. Komitmen ini turut menginspirasi beberapa periset dan pegiat untuk berkolaborasi membentuk lembaga pemberdayaan masyarakat di wilayah Daerah Aliran Sungai Cikapundung. Puncak komitmen dan kolaborasi ini diwujudkan dalam bentuk pengesahan Walungan secara hukum melalui keputusan Menteri Hukum dan HAM Republik Indonesia pada 16 Agustus 2017 dengan nama Yayasan Walungan Bhakti Nagari.

Nama “Walungan” berasal dari kosakata Bahasa Sunda yang berarti “Sungai”. Konsep sungai merujuk kepada aliran air dan wilayah di sekitarnya yang merupakan kawasan esensial dan sentral bagi manusia dan peradaban. Nama ini juga dekat dengan alam masyarakat Sunda yang selalu berkorelasi dengan air. Hal ini tampak dari penamaan berbagai tempat di Jawa Barat yang mengandung kata-kata berhubungan dengan air, seperti: “Ci”, “Leuwi”, dan “Situ”. 

Walungan menyiratkan sebuah lembaga yang aktivitasnya fokus kepada tata kelola air dan siklus hidrologi. Lembaga ini juga berupaya untuk membantu tata kelola pengetahuan di masyarakat agar terbentuk budaya dan peradaban yang selaras dengan ekosistem berbasis air dan daerah aliran sungai. Adapun, aktivitas riset di berbagai bidang keilmuan diibaratkan sebagai kepingan puzzle yang saling melengkapi satu sama lain. Dengan demikian, aktivitas riset tersebut mampu menghasilkan gambaran yang menyeluruh tentang Daerah Aliran Sungai dan masyarakat sekaligus berdampak secara positif terhadap manusia dan alam di sekitarnya.